Genetik tanı süreçlerinde devrim yaratan Yeni Nesil Dizileme (NGS) teknolojisi, son yıllarda klinik pratiğe hızla entegre olmuştur. Bu teknoloji sayesinde genetik hastalıkların moleküler temeli artık çok daha hızlı, doğru ve kapsamlı bir şekilde incelenebilmekte; özellikle klinik ekzom (CES) ve tüm ekzom (WES) analizleri ile tanı koyma süreçlerinde çığır açılmaktadır.
NGS, binlerce genin aynı anda analiz edilmesine olanak tanırken, varyantların klinik anlamda sınıflandırılmasını da kolaylaştırmaktadır. Ancak her klinik tablo için CES ya da WES uygulanması uygun olmayabilir. Hangi durumlarda hangi yöntemin tercih edilmesi gerektiği, nasıl yorumlanacağı ve hangi alternatiflerin değerlendirilebileceği bu yazıda detaylı olarak incelenmektedir.
🔬 NGS Teknolojisi Nedir?
Yeni Nesil Dizileme (Next Generation Sequencing – NGS), DNA’nın milyonlarca fragman halinde paralel olarak dizilenmesini sağlayan yüksek verimli bir teknolojidir. Sanger yöntemiyle karşılaştırıldığında çok daha fazla sayıda geni, kısa sürede ve daha düşük maliyetle analiz edebilmektedir. Bu özellik, genetik tanıdaki uygulama alanlarını genişletmiş ve NGS’yi klinik pratiğin merkezine yerleştirmiştir.
NGS ile analiz edilebilen başlıca yöntemler:
Hedeflenmiş gen panelleri
Klinik ekzom analizi (CES)
Tüm ekzom analizi (WES)
Tüm genom sekanslaması (WGS)
Her yöntemin kapsama alanı ve kullanım amacı farklıdır. Bu yüzden hasta özelinde uygun yöntemin belirlenmesi önemlidir.
🧬 CES ve WES Arasındaki Farklar
| Özellik | Klinik Ekzom (CES) | Tüm Ekzom (WES) |
|---|---|---|
| Kapsam | Hastalıkla ilişkili genler (~5.000–7.000 gen) | Tüm protein kodlayan genler (~20.000 gen) |
| Veri Hacmi | Daha az veri, daha kısa analiz süresi | Daha fazla veri, daha uzun analiz süresi |
| Tanı Başarısı | Spesifik hastalık şüphesi olanlarda daha başarılı | Kompleks olgularda tanı şansı daha yüksek |
| VUS Oranı | Daha düşük | Daha yüksek |
| Klinik Uygunluk | Hedefe yönelik, iyi tanımlı fenotiplere uygundur | Tanısal belirsizlikte veya multisistemik durumlarda uygundur |
👨⚕️ CES Ne Zaman, WES Ne Zaman Tercih Edilmeli?
Klinik Ekzom (CES), genellikle hastalığa neden olduğu bilinen genlerin tarandığı, daha hedefe yönelik bir yöntemdir. Aşağıdaki durumlarda CES önerilir:
Spesifik bir gen ya da hastalık grubu şüphesi varsa (örn. epilepsi, kas hastalıkları)
Genetik heterojenite mevcut fakat klinik tablo güçlü şekilde tanımlanmışsa
Tanı süresinin kısıtlı olduğu acil durumlar
Tüm Ekzom (WES) ise daha kapsamlıdır ve özellikle tanı konulamayan, şüpheli ya da kompleks fenotiplere sahip hastalarda tercih edilir:
Multisistemik belirtilerle seyreden durumlar
Tekrarlayan, açıklanamayan klinik tablolar
Ailesel, kalıtsal hastalıklar
CES sonrası tanı konulamayan olgular
🧠 NGS Hangi Hasta Gruplarında Kullanılmalı?
NGS, özellikle aşağıdaki hasta gruplarında tanısal katkı sağlar:
Gelişimsel gerilik, zihinsel engel, otizm spektrum bozuklukları
Doğuştan gelen yapısal anomaliler
İnatçı epilepsi, hipotoni, kas zayıflığı gibi nöromusküler bulgular
Kalıtsal kanser sendromları
Erken yaşta başlayan metabolik hastalıklar
Primer immün yetmezlikler
Ailevi geçişli ya da konsantrik evliliklerden doğan çocuklar
Bu hastalarda erken tanı, hem tedaviye yön vermek hem de genetik danışmanlık sağlamak açısından kritik öneme sahiptir.
⚠️ NGS Analizlerinde Dikkat Edilmesi Gereken Noktalar
NGS teknolojisi çok güçlü bir tanı aracı olsa da aşağıdaki faktörlere dikkat edilmelidir:
Varyant Yorumlama: ACMG 2024 kriterlerine göre yapılmalı, klinik bulgularla bütünleştirilmeli
VUS Sayısı: WES analizlerinde daha fazladır, CES’te düşüktür
Trio Analizi: Anne–baba–çocuk birlikte analiz edilirse VUS yorumları daha sağlıklı yapılır
Raw Data Saklanması: Hastaya ait dizileme verileri arşivlenmeli, gelecekte tekrar analiz yapılabilir
Genetik Danışmanlık: Sonuçların hasta ve ailesiyle doğru şekilde paylaşılması gereklidir
❓ WES ile Tanı Konulamazsa Ne Yapılmalı?
Tüm ekzom analizinin tanı başarısı %25–40 civarındadır. Tanı konulamayan durumlarda aşağıdaki stratejiler izlenmelidir:
Verinin Yeniden Yorumlanması: Literatür ve veri tabanları güncellendikçe varyantların anlamı değişebilir.
Trio Yöntemiyle Yeniden Analiz: Kalıtım deseni belirlemek için aile bireyleriyle birlikte analiz yapılmalı.
CES’ten WES’e Geçiş: Başlangıçta CES yapılmışsa, daha geniş kapsamlı WES ile analiz tekrar edilebilir.
WGS (Tüm Genom Sekanslaması): Özellikle kodlamayan bölgeler ve yapısal varyantlar için tercih edilebilir.
CNV ve Strüktürel Varyant Analizi: WES’in saptayamadığı büyük genomik değişiklikler için aCGH, MLPA veya WGS gerekebilir.
Fonksiyonel Testler: Metabolik testler, enzim aktiviteleri gibi doğrulayıcı testler ihmal edilmemelidir.
✅ Her Hastaya WES Yapılmalı mı?
Hayır. WES kapsamlı ve pahalı bir testtir. Tanıya kolayca ulaşılabilecek durumlarda öncelikle:
Klinik ekzom (CES)
Hedefe yönelik panel analizi
Tek gen testi
tercih edilmelidir. WES ise özellikle tanısı konulamayan, fenotipi karışık ve nadir hastalık şüphesi olan olgularda devreye girmelidir. Böylece hem ekonomik açıdan hem de klinik olarak daha verimli sonuçlar alınabilir.
📚 Güncel Bilimsel Kaynaklar
Richards S, et al. Standards and guidelines for the interpretation of sequence variants. Genet Med. 2024 update.
ACMG Clinical Exome Recommendations. Updated 2024.
Posey JE, et al. Molecular diagnostic experience of whole-exome sequencing in a clinical setting. JAMA. 2024.
WHO. Genomic Diagnostics Framework. 2025.
Yang Y, et al. Clinical Whole-Exome Sequencing for the Diagnosis of Mendelian Disorders. NEJM. 2023.
Vissers LELM, et al. Whole-exome sequencing in diagnostics of neurological disorders. Brain. 2024
