Tüm Ekzom Dizileme (WES)

-

Tüm Ekzom Dizileme (WES): 

Tüm ekzom dizileme (WES), genetik araştırmalar ve klinik tanı süreçlerinde devrim yaratan bir teknolojidir. WES, genetik materyalin protein kodlayan bölgelerinin (ekzonlar) detaylı bir şekilde incelenmesini sağlar. İnsan genomunun yalnızca %1-2'sini oluşturan ekzonlar, genetik hastalıkların yaklaşık %85-90'ından sorumlu olduğu için bu yöntem oldukça etkilidir. Bu yazıda, WES'in ne olduğu, nasıl çalıştığı ve klinik uygulamaları ele alınmıştır.

Tüm Ekzom Dizileme Nedir?

Tüm ekzom dizileme, genellikle "Yeni Nesil Dizileme" (NGS) teknolojisi ile gerçekleştirilir. Bu yöntemde, protein kodlayan bölgelerden gelen DNA dizileri analiz edilerek varyantlar belirlenir. WES, nadir genetik bozukluklar, onkogenetik analizler ve multifaktöriyel hastalıkların genetik nedenlerini ortaya çıkarmada güçlü bir araçtır.

Tüm Ekzom Dizileme Nasıl Yapılır?

  1. DNA İzolasyonu: Hastadan alınan kan veya tükürük örneğinden DNA elde edilir.

  2. Ekzon Yakalama: Spesifik kitler ile ekzon bölgeleri ayrıştırılır.

  3. Dizileme: Yeni nesil dizileme cihazları ile DNA'nın dizilim sırası belirlenir.

  4. Biyoenformatik Analiz: Dizileme sonuçları, genetik varyantları tanımlamak için özel yazılımlar kullanılarak analiz edilir.

WES ile Saptanan Genetik Varyantlar

Tüm ekzom dizileme ile "önemi bilinmeyen varyantlar" (VUS), patojenik ve benign varyantlar tespit edilebilir. Bu varyantların klinik önemini belirlemek için popülasyon genetik veritabanları, in siliko analiz araçları ve klinik verilerden yararlanılır.

Tüm Ekzom Dizileme


Klinik Uygulamalarda WES

WES, genetik tanı sürecinde özellikle aşağıdaki alanlarda kullanılır:

  • Nadir Hastalıklar: Tek gen hastalıklarının tanısında %25-40 arasında tanı başarısı sağlar.

  • Kanser Genetiği: Genetik mutasyonları tanımlayarak hedefe yönelik tedavi planlarının oluşturulmasında rol oynar.

  • Farmakogenetik: İlaç metabolizmasında rol oynayan genlerin incelenmesi ile kişiye özel tedavi stratejileri geliştirilebilir.

WES ve Klinik Exome Sequencing (CES) Karşılaştırması

Tüm ekzom dizileme (WES), geniş bir inceleme alanı sunarken klinik ekzom dizileme (CES), yalnızca klinik olarak önem taşıyan genler üzerinde yoğunlaşır. CES, daha hızlı analiz ve maliyet avantajı ile dikkat çeker.

Sonuç

Tüm ekzom dizileme, genetik tanı koyma sürecini hızlandıran ve kişiselleştirilmiş tıp uygulamalarında önemli bir yere sahip olan bir teknolojidir. Genetik araştırmalardaki bu yenilik, hem hasta hem de klinisyenler için değerli bir bilgi kaynağı oluşturarak doğru tedavi stratejilerinin geliştirilmesine katkı sağlar.

Kaynaklar:

  1. PubMed: https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov

  2. National Human Genome Research Institute: https://www.genome.gov

  3. Genetik Tıbbi Danışma: tibbigenetikdanisma.com

Yorumlar

Yorum Gönder

Bu blogdaki popüler yayınlar

Göz Renginin Kalıtımı

-
Resim
Göz Rengi Genetiği ve Kalıtımı: Tüm Detaylar         Göz rengi multifaktöriyel kalıtım gösteren komplike bir özelliktir. Klasik kalıtım yollarını takip etmez. Göz rengi fenotipleri hem epistaz (düzenleyici genlerin varlığı) hem de eksik baskınlık (her iki özelliğin ortalamasının görülmesi) gösterir. Göz renginden sorumlu yaklaşık 16 farklı gen olmasına rağmen, çoğunlukla kromozom 15, bitişik olarak yer alan HERC2 ve OCA2 (oküler albinizm) genleri sorumludur. HERC2 'deki bir intron, OCA2 'deki promotor ile etkileşim halindedir. Temelde bu iki genin göz renginde rol aldığı düşünülse de tüm genetik ekspresyonlarda sapmalar meydana gelebilir. Bazı bireylerde her iki gözde farklı renkler veya tamamen pigmentasyon eksikliği (oküler albinizm) görülebilir. Göz Rengi Spektrumu ve Kalıtım Modeli Göz renginin daha karmaşık bir kalıtım modeli vardır. Göz rengi spektrumu kahverengi, ela, yeşil, mavi, gri ve nadiren mor veya kırmızı tonlarını içerir. Kahverengi kodlayan bir alel...
Devamı

Duchenne Musküler Distrofi, DMD

-
Resim
        Müsküler distrofiler, iskelet kas dokusu tutulumuna bağlı anormal kas güçsüzlüğü ile karakterize  kalıtsal bir hastalık grubudur. Etkilenen kas grubu, kalıtım şekli ve başlama yaşı müsküler distrofileri gruplandırmak için değerli kriterlerdir. Farklı kalıtım özellikleri gösteren kırk beş çeşit müsküler distrofi bulunmaktadır.          Müsküler distrofiler içinde en sık görüleni X’e bağlı resesif kalıtımlı Duchenne ve Becker Müsküler Distrofi’leridir (DMD/BMD). Distrofinopatiler  olarak adlandırılırlar. Duchenne kas distrofisi (DMD) kas distrofileri arasında en sık görülenidir. Distrofinopatilerin % 85’ini ve en şiddetlisini oluşturur. 3500 canlı doğan erkek doğumda bir sıklıkta görülür. Kadınlarda taşıyıcılık oranı 1/2500'dür. Etkin doğum öncesi tanının sonucunda hastalığın görülme sıklığı azalmaktadır. Olguların % 90’ dan fazlası beş yaş altında erken çocukluk döneminde bulgu v...
Devamı

Tek Gen Hastalıklarında Kalıtım

-
Resim
     Tek gen hastalıkları, Mendel kurallarına göre kuşaklar boyu kalıtılan hastalıklardır. Tek bir gen üzerindeki mutasyonlar sonucu ortaya çıkarlar. Otozomal ve X’e bağlı kalıtım göstermektedir. Hastalığın aynı genotipi taşıyan tüm hasta bireylerde benzer şekilde ve şiddette olması beklenmektedir. Ancak aynı mutasyona sahip bireylerin tamamında hastalığın görülmeme durumu (eksik penetrans) ya da fenotipin ciddiyetinin bireyler arasında değişken olması (değişken penetrans), bir gen/ bir fenotip kavramını bozar. Fenotipin ortaya çıkmasında modifiye edici genlerin etkisi, epigenetik değişiklikler, çevresel faktörler önemli rol oynamaktadır. Fenotipi modifiye eden genler; hastalıktan sorumlu geni kompanse eder ya da sorumlu genin fonksiyonel olduğu yolaklarla etkileşir. Böylelikle hastalığın seyri değişebilmektedir.      Genomumuzda yaklaık 20000 civarında gen bulunmaktadır. Tek gen hastalıkları bu genlerin herhangi birinde meydana gelen değişiklik sonu...
Devamı